ionerdss.model_setup package

Subpackages

• ionerdss.model_setup.database_pdb package
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    • ionerdss.model_setup.database_pdb.gen package
      • Submodules
      • ionerdss.model_setup.database_pdb.gen.real_PDB_angles module
      • ionerdss.model_setup.database_pdb.gen.real_PDB_calculate_phi module
      • ionerdss.model_setup.database_pdb.gen.real_PDB_chain_int module
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      • ionerdss.model_setup.database_pdb.gen.real_PDB_unit module
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  • ionerdss.model_setup.database_pdb.PDB_UI module
  • ionerdss.model_setup.database_pdb.PDB_object module
  • ionerdss.model_setup.database_pdb.cg module
  • ionerdss.model_setup.database_pdb.dtb_PDB_3D_plot module
  • ionerdss.model_setup.database_pdb.dtb_PDB_calc_angle module
  • ionerdss.model_setup.database_pdb.dtb_PDB_change_sigma module
  • ionerdss.model_setup.database_pdb.dtb_PDB_filter module
  • ionerdss.model_setup.database_pdb.dtb_PDB_norm_COM module
  • ionerdss.model_setup.database_pdb.dtb_PDB_separate_read module
  • ionerdss.model_setup.database_pdb.dtb_PDB_write_PDB module
  • ionerdss.model_setup.database_pdb.dtb_PDB_write_input module
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• ionerdss.model_setup.gag_reshape package
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    • ionerdss.model_setup.gag_reshape.sphere_reg package
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      • ionerdss.model_setup.gag_reshape.sphere_reg.fitSphere module
      • ionerdss.model_setup.gag_reshape.sphere_reg.single_restart_to_df module
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  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.calc_fit_sphere module
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  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.calculate_gradient module
  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.calculate_rmsd module
  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.determine_binding_sites module
  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.determine_gagTemplate_structure module
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  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.find_complementry_site module
  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.gag_write_PDB module
  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.plot_3D_sites module
  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.repeated_protein_subunit_regularization module
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  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.restart_pdb_to_df module
  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.translate_gags_on_sphere module
  • ionerdss.model_setup.gag_reshape.xyz_to_sphere_coordinates module
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• ionerdss.model_setup.nerdss_gui package
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    • ionerdss.model_setup.nerdss_gui.gen package
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      • ionerdss.model_setup.nerdss_gui.gen.advanced_options_parse_pdb module
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      • ionerdss.model_setup.nerdss_gui.gen.nerdss_install module
      • ionerdss.model_setup.nerdss_gui.gen.pdb_movie_player module
      • ionerdss.model_setup.nerdss_gui.gen.plot_complex module
      • ionerdss.model_setup.nerdss_gui.gen.plot_copy_num module
      • Module contents
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  • ionerdss.model_setup.nerdss_gui.nerdss module
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• ionerdss.model_setup.platonic_solids package
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    • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube package
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      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_face module
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      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_face_COM_leg_list_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_face_COM_list_gen module
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      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_face_leg_reduce module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_face_leg_reduce_coord_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_face_vert_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_face_write module
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      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_vert_COM_leg module
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      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_vert_leg_reduce module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_vert_leg_reduce_coor_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_vert_norm_input module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.cube.cube_vert_write module
      • Module contents
    • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode package
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      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_face module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_face_COM_coor module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_face_COM_leg_coor module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_face_COM_leg_list_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_face_COM_list_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_face_dodecahedron_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_face_input_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_face_leg_reduce module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_face_leg_reduce_coor_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_face_write module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_vert module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_vert_COM_leg module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_vert_COM_leg_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_vert_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_vert_input_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_vert_leg_reduce module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_vert_leg_reduce_coor_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_vert_norm_input module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.dode.dode_vert_write module
      • Module contents
    • ionerdss.model_setup.platonic_solids.gen_platonic package
      • Submodules
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.gen_platonic.COM_leg_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.gen_platonic.COM_leg_list_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.gen_platonic.angle_cal module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.gen_platonic.distance module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.gen_platonic.face_COM_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.gen_platonic.mid_pt module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.gen_platonic.vert_coord module
      • Module contents
    • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos package
      • Submodules
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_face module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_face_COM_coord module
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      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_face_COM_list_gen module
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      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_face_leg_reduce module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_face_leg_reduce_coord_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_face_vert_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_face_write module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_vert module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_vert_COM_leg module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_vert_COM_leg_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_vert_center_coor module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_vert_check_dis module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_vert_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_vert_input_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_vert_leg_reduce module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_vert_leg_reduce_coor_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_vert_norm_input module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.icos.icos_vert_write module
      • Module contents
    • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa package
      • Submodules
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_face module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_face_COM_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_face_COM_leg_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_face_COM_leg_list_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_face_COM_list_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_face_input_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_face_leg_reduce module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_face_leg_reduce_coord_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_face_vert_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_face_write module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_vert module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_vert_COM_leg module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_vert_COM_leg_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_vert_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_vert_input_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_vert_leg_reduce module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_vert_leg_reduce_coor_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.octa.octa_vert_write module
      • Module contents
    • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr package
      • Submodules
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_face module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_face_COM_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_face_COM_leg_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_face_COM_leg_list_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_face_COM_list_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_face_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_face_input_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_face_leg_reduce module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_face_leg_reduce_coord_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_face_write module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_vert module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_vert_COM_leg module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_vert_COM_leg_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_vert_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_vert_input_coord module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_vert_leg_reduce module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_vert_leg_reduce_coor_gen module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_vert_norm_input module
      • ionerdss.model_setup.platonic_solids.tetr.tetr_vert_write module
      • Module contents
  • Module contents

Submodules

ionerdss.model_setup.data_structures module

ionerdss.model_setup.geometry_utils module

ionerdss.model_setup.gui module

ionerdss.model_setup.protein_designer_gui module

ionerdss.model_setup.protein_model module

Module contents